当发现使用拉卡拉POS机刷卡手续费被多扣了99元时，可以采取以下步骤来解决问题：

一、核实扣费原因

1. 检查交易记录：首先，登录拉卡拉的商户后台或相关APP，查看交易记录，确认是否确实存在一笔99元的扣费。
2. 了解扣费项目：仔细查看扣费明细，了解这笔99元是何种类型的费用，如是否是运营服务费、流量费、激活费或其他未知费用。

二、与拉卡拉客服沟通

1. 联系客服：拨打拉卡拉的客服电话（如400-088-1234），向客服人员反映问题，并提供相关交易记录和扣费明细。
2. 询问扣费原因：向客服人员详细了解扣费的具体原因，并要求其给出明确的解释。
3. 提出异议：如果确认是误扣或多扣费用，应向客服人员提出异议，并要求其立即进行更正。

三、提交投诉与维权

1. 内部投诉：如果客服人员无法解决问题，或给出的解释不合理，可以向拉卡拉的投诉部门提交投诉，并要求其给出满意的解决方案。
2. 外部投诉：如果内部投诉无果，可以向相关监管部门（如人民银行、银联等）或第三方投诉平台（如黑猫投诉平台）提交投诉，并提供相关证据和资料。
3. 法律途径：如果问题依然无法得到解决，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如起诉拉卡拉公司等。

四、预防措施

1. 了解费率政策：在使用拉卡拉POS机之前，应详细了解其费率政策和扣费项目，避免产生不必要的费用。
2. 定期核对账单：定期登录商户后台或APP，核对交易记录和账单，确保费用的准确性。
3. 选择正规渠道：确保通过拉卡拉官网或官方授权的渠道申请和使用POS机，避免遇到假冒伪劣产品或服务。

总之，当发现拉卡拉POS机刷卡手续费被多扣时，应保持冷静，按照上述步骤逐一解决问题。同时，也应加强预防措施，避免类似问题的再次发生。