办理拉卡拉POS机之后如果没有使用，是否能申请退99元押金，这主要取决于办理时与拉卡拉或其代理商之间达成的协议内容。以下是一些建议和步骤，帮助您了解如何申请退押金：

一、了解押金退还政策

1. 查阅协议：首先，找到办理POS机时签订的协议或合同，仔细阅读其中关于押金退还的条款。这将帮助您明确押金退还的条件和流程。
2. 联系客服：如果协议中未明确说明押金退还政策，或您对政策有疑问，可以拨打拉卡拉的客服电话进行咨询。

二、申请退押金

1. 满足退还条件：根据协议或客服的说明，确保您已满足押金退还的条件，如未使用过POS机、在规定时间内申请退还等。
2. 提交申请：向拉卡拉或其代理商提交押金退还申请。这通常可以通过电话、邮件或在线平台完成。在申请时，提供您的商户编号、押金金额、联系方式等相关信息。
3. 等待审核：拉卡拉或其代理商将对您的申请进行审核。审核通过后，押金将按照约定的方式退还给您。

三、注意事项

1. 时间限制：请注意协议中规定的押金退还时间限制。如果错过时间，可能会导致押金无法退还。
2. 保留凭证：在申请退还押金时，保留好相关凭证，如协议、交易记录、申请记录等。这些凭证将有助于解决可能出现的争议。
3. 避免诈骗：在申请退还押金时，务必通过官方渠道进行。避免轻信陌生人的电话或短信，以免遭受诈骗。

四、特殊情况处理

1. 协议不明确：如果协议中关于押金退还的条款不明确或存在争议，可以与拉卡拉或其代理商进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 投诉与维权：如果拉卡拉或其代理商拒绝退还押金或处理不当，您可以向相关监管部门（如人民银行、银联等）或第三方投诉平台（如黑猫投诉平台）提交投诉。在投诉时，提供详细的证据和资料，以便监管部门或平台进行调查和处理。

综上所述，办理拉卡拉POS机之后如果没有使用，是否能申请退99元押金取决于协议内容和相关政策。在申请退还押金时，请务必了解政策、满足条件、提交申请并保留凭证。如遇到争议或问题，可以通过协商、投诉或法律途径来解决。