当使用拉卡拉POS机刷卡时，如果不知道的情况下被扣了99元服务费，可以尝试通过以下步骤来追回这笔费用：

1. 了解扣费原因：首先，需要了解这笔99元服务费的具体扣费原因。根据公开信息，拉卡拉曾发布通知调整商户运营服务费至99元，这通常是对距离上次扣费满180天的终端收取的流量费。因此，可以检查自己的POS机使用时间和上次扣费时间，以确认是否因此被扣费。

2. 保留交易凭证：保留好每一笔使用POS机进行交易的小票、电子凭证、银行扣费信息等，这些凭证是追讨被多扣手续费的重要依据。

3. 与POS机代理商或支付公司沟通：一旦发现被多扣服务费，应立即与POS机的代理商或拉卡拉支付公司客服联系，说明情况并要求退还多扣的费用。可以通过客服电话、在线客服或邮件等方式进行沟通。

4. 向监管部门投诉：如果与POS机代理商或支付公司沟通无果，可以向相关监管部门进行投诉。例如，可以拨打人民银行金融业务投诉电话12363，或拨打消费者投诉举报电话12315（需加所在支付公司的区号）。在投诉时，要详细说明情况，并提供充分的证据。

5. 寻求法律帮助：如果以上途径均无法解决问题，且被扣费用金额较大，可以考虑寻求法律帮助。通过法律途径来维护自己的合法权益。

6. 预防措施：为了避免类似情况再次发生，建议在使用POS机前仔细了解相关费用和政策。同时，定期检查交易记录和银行扣费信息，以便及时发现并处理任何异常扣费。

综上所述，虽然追回被多扣的服务费可能需要一定的时间和努力，但通过以上步骤是有可能成功追回的。重要的是要保持冷静和理智，坚持投诉并跟进进展情况。