拉卡拉POS机刷卡手续费的具体计算方法以及刷5万元会扣除多少钱，取决于多个因素，包括卡片类型（储蓄卡或信用卡）、支付方式（刷卡、扫码等）以及商户的月交易额等。以下是根据拉卡拉POS机的一般费率标准进行的详细分析：

一、刷卡手续费计算方法

1. 储蓄卡刷卡手续费：

   • 费率：通常为支付金额的0.5%。
   • 封顶金额：一般为20元/笔。
   • 计算方法：手续费 = 支付金额 × 费率（若计算结果超过封顶金额，则按封顶金额收取）。

2. 信用卡刷卡手续费：

   • 费率：通常为支付金额的0.6%，且没有封顶金额。
   • 计算方法：手续费 = 支付金额 × 费率。

二、基于不同交易额度的手续费计算

1. 储蓄卡刷5万元：

   • 由于储蓄卡手续费有20元的封顶限制，因此无论交易金额多少，手续费最高为20元。

2. 信用卡刷5万元：

   • 手续费 = 50000 × 0.6% = 300元。

三、特殊费率情况

1. 二维码收款费率：拉卡拉POS机的二维码收款费率可能根据商户的月交易额分为不同的档次，例如0.38%+0.01元/笔（适用于月交易额不足5万元的商户）。但这一费率通常适用于小额交易，且不适用于储蓄卡或信用卡的直接刷卡交易。
2. 代理商自定义费率：在某些情况下，代理商可能会为商户提供自定义的费率结构。这可能导致实际费率与上述标准费率有所不同。因此，商户在选择POS机时，应详细了解合同中的费率条款。

四、总结

• 储蓄卡刷5万元：手续费最高为20元。
• 信用卡刷5万元：手续费为300元。

请注意，上述费率标准仅供参考，实际费率可能因商户类型、交易规模、支付公司政策等因素而有所不同。因此，在办理POS机时，商户应仔细阅读合同条款，了解具体的费率结构和可能存在的隐藏费用。同时，商户也可以与支付公司或代理商进行沟通，以获取更优惠的费率政策。